Houston tiene dos aeropuertos comerciales principales, Bush Intercontinental y William P. Hobby, ambos a una corta distancia del Distrito Central, y a distancia razonable de los centros hoteleros y de convenciones.

Cada año, más de 42 millones de personas transitan por los aeropuertos de Houston, incluyendo 5.6 millones de pasajeros internacionales. Desde Houston, usted puede viajar a 178 ciudades y 28 países en cinco continentes. Los aeropuertos de Houston, están en las ultimas etapas de un programa de expansión y renovación de tres billones de dólares; para satisfacer la demanda creciente de viajeros.

• El aeropuerto principal más grande de la Ciudad, Bush Intercontinental Airport (IAH) (Inglés), se unió al Sistema de Aeropuertos de Houston en 1969. El Aeropuerto Intercontinental Bush ha crecido y paso a ser el octavo más grande de la nación para viajeros que transitan y el séptimo de vuelos internacionales. El Aeropuerto Intercontinental Bush se encuentra a unas 23 millas al norte del centro de Houston, cerca de la Autovía Sam Houston (Beltway 8 Norte.) Este aeropuerto es operado y mantenido por el Departamento de Aviación de la Ciudad de Houston. (Vea el enlace a la izquierda de esta pagina abajo del sello de la Ciudad de Houston). 
• La Ciudad también opera el segundo aeropuerto principal, William P. Hobby (HOU) (Inglés), que ha estado sirviendo a la región por más de 60 años. El Aeropuerto Hobby se encuentra aproximadamente a 7 millas al sur del centro de Houston, cerca de la Autopista I-45 /Gulf, la principal carretera que va de la ciudad hasta el Centro de la NASA y la Isla de Galveston.  
• Además, la Ciudad opera el aeropuerto militar y civil de Ellington Field (EFD) (Inglés). Ellington apoya actualmente las operaciones de las Fuerzas Militares de los Estados Unidos, la NASA, y actividades de aviación en general. El aeropuerto es sede del club de aviación más grande de Texas y el sitio en el que se lleva a cabo el espectáculo aéreo Wings Over Houston.

Ellington Field se encuentra aproximadamente a 15 millas al sur-oeste del centro de Houston, cerca de la Autopista I-45 / Gulf.